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@2023-04-29 16:00:00
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@2023-04-29 16:00:00
# 巴塞尔报告第十三期
[ 新潮沉思录 ](javascript:void\(0\);)
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以下文章来源于拍帮主的后花园 ，作者拍老师
**拍帮主的后花园** . I told you so……
** 文 | 拍帮主 **
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** 本期的《巴塞尔报告》，由微博老铁@Nekromanzer老师搬运，鸣谢！ ** ** 照惯例，格式有微调。 ** ** 上集请见： [
《巴塞尔报告，第十二期》
](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU0MTA3ODA4NQ==&mid=2247496148&idx=2&sn=7d6e1bb8294437dd9f1b50dc98aa81f9&chksm=fb2dd6fecc5a5fe80a877b0e5584de4a05b96ad7d9f9cb2d1213a12ea1d60d4a9961f432e082&token=917180158&lang=zh_CN&scene=21#wechat_redirect)
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* * *
**第一部分，XBB**
XBB家族的后代们正在全球范围内扩大优势。
一个月前XBB*家族之外的毒株还占据了30%左右的测序份额，到了4月初，已经被压制到了15%左右。
本月初美国的非XBB*毒株份额仅剩5%，日本和英国的非XBB*毒株仍然维持一定占比。
不过这个占比最高的还是国内，大约维持在了75%左右，尽管如此，整个东亚地区的XBB*测序占比还是在快速攀升。
S:F486P(T23018C, T23019C)这一突变目前已经占据了XBB*中的绝大部分，只有约5%的XBB*不含这个突变。
目前XBB家族的领先集团是：XBB.1.5*, XBB.1.9.1*, XBB.1.9.2*, XBB.1.16* 以及 XBB.2.3*。
* * *
**第二部分，XBB.1.16**
自打XBB.1.16称霸印度以后，就渐渐开始在全球爬升份额。
相较于同样具有S:F486P的XBB.1.5，它的一个优势似乎来自S:T478R
(C22995A)，如同S:F486P一样，478位点上的突变已经开始在越来越多的XBB*骨架上出现。当一个突变能够带来巨大的增长优势时，它就越有可能在其它流行的分支上独立演化出现，这样的趋同演化的盛况，各位想必此前已经在BA.5*家族的S:R346T(G22599C)上看到过了。
尽管XBB.1.16抓住了两个版本答案，但是其它的毒株仍有可能在其完成全球霸业前取而代之
在印度，XBB.1.16*差不多是在二月份开始展现大帝之姿的。 自那时以来，当地确诊病例增长了百倍。
但由于当地的变量(各种流行病)太多，很难界定XBB.1.16*到底产生了多大的波澜。
2021年的同一时间出现的Delta造成过类似的波动，当时的病例从2月初到4月底增长了40倍，或许激增的病例是季节产生的效应与这一新的变种共同导致的。
关于XBB.1.16的更多探讨，包括临床特性，请参考WHO在4月17日发布的初步风险评估(XBB.1.16 Initial Risk Assessment,
17 April 2023)
* * *
**第三部分， XBB家族值得关注的突变 **
除了486P和478R两个版本答案，还有一些S蛋白上的突变值得关注，其中就包括了F456L(T22928C, T22930A)。
这一突变最早并没有展示出它被推算出的优势，但是随着宿主人群逐渐建立起了对于某些变异株的特异性免疫（或者说产生免疫印记了），它的威力开始逐渐显现，测序结果冒头的频率也开始上升。
截止目前它的相对增长优势还不算太明显(大约20%/周)，但未来有可能上升。 _**（拍老师的画外音：关于S:F456L，可以参考** _ [
_**《原罪，第九集》** _
](http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU0MTA3ODA4NQ==&mid=2247496590&idx=1&sn=6e7635fc8cb80737f165203f48736c10&chksm=fb2dd4a4cc5a5db2bff0fa602fa7e422e13f1d889b95625b8275dde3307e21ccec1980ac36fc&scene=21#wechat_redirect)
_** ） ** _
此外，携带R403K或P521S突变的分支，市占率也在上升。其它相关突变就不一一列举了。
* * *
**第四部分， XBB家族之外的变异株 **
对于XBB大家族之外的残余势力，目前仍需保持关注，因为这些变异株可能影 响疫苗接种策略。
理论上来说，这些外围毒株的市占率越低，其份额被XBB大家族强取豪夺的概率就越大，宿主们的相对风险也就越低。
目前这个XBB大家族以外的小众变异株主要包括：
* BA.2.75* (22D，主要是BN*与CH*)， 大约占据5%，并以每周10~20%的速率退减。BN*的测序主要集中在韩国（BN.1, 约40%），而CH*的测序主要集中在欧洲（CH.1.1, 约5~10%）；
* BQ.1* (22E，主要是BQ.1.1*)， 大约占据4%，并以每周20~30%的速率退减。测序主要集中在加麻大（10%）和日本（10%）；
* BQ*家族以外的BA.5亚谱系成员（22B，主要是BA.5.2.48*以及BF.7*），大约占据3%，并以每周10~20%的速率退减，测序主要集中在国内（BA.5.2.48*与BF.7.14*，约70%），以及日本（BF*, 约25%）；
* BQ.2.75*家族以外的BA.2*亚谱系（21L，主要是BA.2.3.20*）大约占据0.2%，并以每周5~10%的速率退减。测序主要集中在菲律宾（近期数据暂缺，但是2月份时大约占比50%，主要是CM.8.1*），以及日本（1%）和印度（0.5%）；
* XBC（”德尔塔克戎“）大约占据0.3%，并以每周10~20%的速率增加，测序主要集中在土澳（XBC.1.6, 约10%）以及菲律宾（近期数据暂缺，但是2月份时大约占比10%）；
* XAY（”德尔塔克戎“）大约占据0.1%，占比数据平稳，测序主要集中在丹麦（XAY.2, 约1%）以及德国（XAY.1.1, 约1%）。
尽管未来看上去会是XBB大家族的天下，不过BA.2.75*仍然会继续存在，甚至还有可能像近期的XCC那样，与XBB*发生二次重组。
此外也不能排除XBC、XAY或BA.2.3.20演化出差异更大的分支。
* * *
最后，附赠本期天梯榜。 老规矩，采用6月内测序数据，以原版XBB为基线，以相对增长优势的置信区间下限降序排列，手动增添文中提到的几个突变的均线。
鉴于这两周CCDC测得的非田园株变种越来越多，就不专门加粗了。至于田园株的排位，因为最近突然又开始传测序了所以名次均有所上升，但是放在国际大环境中仍然没有展现出竞争力。
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**第一部分，XBB**
XBB家族的后代们正在全球范围内扩大优势。
一个月前XBB*家族之外的毒株还占据了30%左右的测序份额，到了4月初，已经被压制到了15%左右。
本月初美国的非XBB*毒株份额仅剩5%，日本和英国的非XBB*毒株仍然维持一定占比。
不过这个占比最高的还是国内，大约维持在了75%左右，尽管如此，整个东亚地区的XBB*测序占比还是在快速攀升。
S:F486P(T23018C, T23019C)这一突变目前已经占据了XBB*中的绝大部分，只有约5%的XBB*不含这个突变。
目前XBB家族的领先集团是：XBB.1.5*, XBB.1.9.1*, XBB.1.9.2*, XBB.1.16* 以及 XBB.2.3*。
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**第二部分，XBB.1.16**
自打XBB.1.16称霸印度以后，就渐渐开始在全球爬升份额。
相较于同样具有S:F486P的XBB.1.5，它的一个优势似乎来自S:T478R
(C22995A)，如同S:F486P一样，478位点上的突变已经开始在越来越多的XBB*骨架上出现。当一个突变能够带来巨大的增长优势时，它就越有可能在其它流行的分支上独立演化出现，这样的趋同演化的盛况，各位想必此前已经在BA.5*家族的S:R346T(G22599C)上看到过了。
尽管XBB.1.16抓住了两个版本答案，但是其它的毒株仍有可能在其完成全球霸业前取而代之
在印度，XBB.1.16*差不多是在二月份开始展现大帝之姿的。 自那时以来，当地确诊病例增长了百倍。
但由于当地的变量(各种流行病)太多，很难界定XBB.1.16*到底产生了多大的波澜。
2021年的同一时间出现的Delta造成过类似的波动，当时的病例从2月初到4月底增长了40倍，或许激增的病例是季节产生的效应与这一新的变种共同导致的。
关于XBB.1.16的更多探讨，包括临床特性，请参考WHO在4月17日发布的初步风险评估(XBB.1.16 Initial Risk Assessment,
17 April 2023)
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**第三部分， XBB家族值得关注的突变 **
除了486P和478R两个版本答案，还有一些S蛋白上的突变值得关注，其中就包括了F456L(T22928C, T22930A)。
这一突变最早并没有展示出它被推算出的优势，但是随着宿主人群逐渐建立起了对于某些变异株的特异性免疫（或者说产生免疫印记了），它的威力开始逐渐显现，测序结果冒头的频率也开始上升。
截止目前它的相对增长优势还不算太明显(大约20%/周)，但未来有可能上升。 _**（拍老师的画外音：关于S:F456L，可以参考** _ [
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此外，携带R403K或P521S突变的分支，市占率也在上升。其它相关突变就不一一列举了。
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**第四部分， XBB家族之外的变异株 **
对于XBB大家族之外的残余势力，目前仍需保持关注，因为这些变异株可能影 响疫苗接种策略。
理论上来说，这些外围毒株的市占率越低，其份额被XBB大家族强取豪夺的概率就越大，宿主们的相对风险也就越低。
目前这个XBB大家族以外的小众变异株主要包括：
* BA.2.75* (22D，主要是BN*与CH*)， 大约占据5%，并以每周10~20%的速率退减。BN*的测序主要集中在韩国（BN.1, 约40%），而CH*的测序主要集中在欧洲（CH.1.1, 约5~10%）；
* BQ.1* (22E，主要是BQ.1.1*)， 大约占据4%，并以每周20~30%的速率退减。测序主要集中在加麻大（10%）和日本（10%）；
* BQ*家族以外的BA.5亚谱系成员（22B，主要是BA.5.2.48*以及BF.7*），大约占据3%，并以每周10~20%的速率退减，测序主要集中在国内（BA.5.2.48*与BF.7.14*，约70%），以及日本（BF*, 约25%）；
* BQ.2.75*家族以外的BA.2*亚谱系（21L，主要是BA.2.3.20*）大约占据0.2%，并以每周5~10%的速率退减。测序主要集中在菲律宾（近期数据暂缺，但是2月份时大约占比50%，主要是CM.8.1*），以及日本（1%）和印度（0.5%）；
* XBC（”德尔塔克戎“）大约占据0.3%，并以每周10~20%的速率增加，测序主要集中在土澳（XBC.1.6, 约10%）以及菲律宾（近期数据暂缺，但是2月份时大约占比10%）；
* XAY（”德尔塔克戎“）大约占据0.1%，占比数据平稳，测序主要集中在丹麦（XAY.2, 约1%）以及德国（XAY.1.1, 约1%）。
尽管未来看上去会是XBB大家族的天下，不过BA.2.75*仍然会继续存在，甚至还有可能像近期的XCC那样，与XBB*发生二次重组。
此外也不能排除XBC、XAY或BA.2.3.20演化出差异更大的分支。
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最后，附赠本期天梯榜。 老规矩，采用6月内测序数据，以原版XBB为基线，以相对增长优势的置信区间下限降序排列，手动增添文中提到的几个突变的均线。
鉴于这两周CCDC测得的非田园株变种越来越多，就不专门加粗了。至于田园株的排位，因为最近突然又开始传测序了所以名次均有所上升，但是放在国际大环境中仍然没有展现出竞争力。
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