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@2023-04-05 16:00:00
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@2023-04-05 16:00:00
# 巴塞尔报告第十二期
[ 新潮沉思录 ](javascript:void\(0\);)
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以下文章来源于拍帮主的后花园 ，作者拍老师
**拍帮主的后花园** . I told you so……
** 文 | 拍帮主 **
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** 本期的《巴塞尔报告》，由知识星球老铁@锦绿新城老师搬运，格式有微调。 **
** 上集请见： [ 《巴塞尔报告（第十一期，2023年2月4日）》
](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU0MTA3ODA4NQ==&mid=2247494905&idx=1&sn=4b6c145d7781a7a3a5de343e3372d5ef&chksm=fb2dcbd3cc5a42c566a99c38b809046b8701dc284834599b7acda37c3b6755cea542bc3d2312&token=1228770375&lang=zh_CN&scene=21#wechat_redirect)
**
**
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* * *
**第一部分，XBB*在全球持续增长**
全球范围内，XBB*的趋势仍在继续。
在美国2周前采样的样本中，XBB*分支的市占率已超过90%。
在其他大多数国家，XBB*的流行率也在50%以上。
迄今为止，似乎在那些累计感染次数相对较少的地方，比如中国，XBB的流行进度似乎有些落后于那些累计感染较多的地方。
其他数据更新及时且XBB*分支份额远低于平均水平的国家包括日本和韩国。
* * *
**第二部分，X** **BB.1.16**
**
**
最近在社交媒体上得到特别关注的一个子分支是XBB.1.16。
XBB.1.16似乎在印度的流行率非常高，在两周前采集的样本中，它似乎占了50%以上。
XBB.1.16与XBB.1.5的不同之处在于有两个额外的刺突（S）蛋白突变： **E180V** 和 **K478R**
。其中XBB.1.16.1（约占XBB.1.16*的20%）还有有刺突蛋白突变T547I。
氨基酸位点478在野生型中是T，在所有Omicrons中突变为K（通过C->A突变）。而在XBB.1.16中，核苷酸A现在进一步突变为G，最终形成氨基酸R，因此这不是一个2步突变。
鉴于478位于RBD结构域，有理由猜测它可能提供额外的免疫逃逸。
180位点则位于NTD结构域，在这个区域已经出现过一些增益突变。似乎也可以假设E180V能提供一些额外的免疫逃逸能力。
鉴于印度的面积、人口，以及与人口相比相当低的序列数量，
目前很难估计XBB.1.16相对于XBB.1.5（或其他带有486P但没有E180V和K478R的XBB）在印度的增长优势。
现在看来XBB.1.16似乎确实有轻微的增长优势，但其范围可能是每周30%至80%而已——这算是一个显著又是，但又不像过去看到的XBB.1.5*、BQ.1.1*或者BA.1的增长优势那样大。
XBB.1.16已经在印度以外的地方也在冒头：
* 在新加坡，它占2周前收集的样本的5%左右；
* 在美国和欧洲，它仍然很罕见（仅低于2周前收集的样本的1%），但在增长。
* 鉴于到目前为止印度以外的序列数量很少（约250个），很难可靠地估计XBB.1.16与XBB.1.5*相比在其他国家的增长优势。
除了XBB.1.16之外，S:K478R也在其他带有S:F486P突变的XBB分支当中冒头。目前看来，这一突变带来的全球增长优势似乎比较一般，只有每周10-20%的数量级。然而，没有太多的数据，具体情况还需要时间观察。
* * *
**第三部分，** **EU.1.1**
EU.1.1（XBB.1.5.26.1.1的别名）获得了额外的刺突蛋白突变I410V和P521S，
在欧洲似乎正在超越XBB.1.5*（此处别名EU纯属巧合！）
其相对增长优势似乎在25-60%左右，类似于当初S:R346T在BA.5和BQ.1中的增长优势。
* * *
**第四部分，** **其他潜在的刺突蛋白增益突变**
有一些刺突蛋白突变似乎在XBB骨架上的冒头频率正在上升。
它们仍然很罕见，以至于无法对增长优势进行可靠估计，
但以下几种值得关注：
S:D80Y
S:D215H
S:M177I
S:F456L
S:P621S
S:N978S
S:K1045R
* * *
**第五部分，** **非XBB谱系**
尽管XBB大家族在全球范围内越来越占主导地位，但观察其他谱系的多样性也很重要，因为这些谱系有可能和目前流通的XBB产生很大的抗原距离。
_** （拍老师的画外音：血清分型警告！） ** _
**Delta-Omicron重组株**
Delta-Omicron重组株XBC最近在澳大利亚占了约5%的序列。
其中有一个新的子分支XBC.1.6，获得了两个值得关注的刺突蛋白突变：R346S和M452R。这个子分支在澳大利亚已经迅速增长到1-2%，但在其他地方暂时还没有冒头。
XAY*在丹麦仍为2%左右的流行率，在德国也可能仍在增长（XAY.1.1）。
**BA.2.75亚谱系和重组株**
CH.1.1*的比例在欧洲仍然相当稳定，差不多10-20%，不过预计XBB*最终会超过CH.1.1*，除非CH.1.1*额外获得新的增益突变。
BN.1*在一些国家仍然很普遍，尤其是韩国。
在澳大利亚，BR.2.1已经从最高20%流行率下降到5%以下。
XBF*在澳大利亚也从1月份的30%的峰值下降到了10%左右。它在欧洲的流行率则保持在1%左右。
**BA.5亚谱系**
BA.5*（非BQ*）已低于2%，但在日本（~25%）和中国（~90%）除外。
BQ.1*在欧洲和美洲的流行率都已下降到10%以下（2022年12月还有50-80%）。
**BA.2亚谱系**
BA.2.3.20在世界各地仍有零星冒头，在韩国和日本大致保持在1%左右流行率（预计在菲律宾最常见，但最近的数据也已经是6周前更新的）。
* * *
**第六部分，国内的情况**
## ****
略~
各位感兴趣的话不妨自行去啃原文吧，传送门：
https://github.com/neherlab/SARS-CoV-2_variant-
reports/blob/main/reports/variant_report_latest_draft.md
以上！感谢锦绿新城老师，各位明天见啦。
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** 上集请见： [ 《巴塞尔报告（第十一期，2023年2月4日）》
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**第一部分，XBB*在全球持续增长**
全球范围内，XBB*的趋势仍在继续。
在美国2周前采样的样本中，XBB*分支的市占率已超过90%。
在其他大多数国家，XBB*的流行率也在50%以上。
迄今为止，似乎在那些累计感染次数相对较少的地方，比如中国，XBB的流行进度似乎有些落后于那些累计感染较多的地方。
其他数据更新及时且XBB*分支份额远低于平均水平的国家包括日本和韩国。
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**第二部分，X** **BB.1.16**
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最近在社交媒体上得到特别关注的一个子分支是XBB.1.16。
XBB.1.16似乎在印度的流行率非常高，在两周前采集的样本中，它似乎占了50%以上。
XBB.1.16与XBB.1.5的不同之处在于有两个额外的刺突（S）蛋白突变： **E180V** 和 **K478R**
。其中XBB.1.16.1（约占XBB.1.16*的20%）还有有刺突蛋白突变T547I。
氨基酸位点478在野生型中是T，在所有Omicrons中突变为K（通过C->A突变）。而在XBB.1.16中，核苷酸A现在进一步突变为G，最终形成氨基酸R，因此这不是一个2步突变。
鉴于478位于RBD结构域，有理由猜测它可能提供额外的免疫逃逸。
180位点则位于NTD结构域，在这个区域已经出现过一些增益突变。似乎也可以假设E180V能提供一些额外的免疫逃逸能力。
鉴于印度的面积、人口，以及与人口相比相当低的序列数量，
目前很难估计XBB.1.16相对于XBB.1.5（或其他带有486P但没有E180V和K478R的XBB）在印度的增长优势。
现在看来XBB.1.16似乎确实有轻微的增长优势，但其范围可能是每周30%至80%而已——这算是一个显著又是，但又不像过去看到的XBB.1.5*、BQ.1.1*或者BA.1的增长优势那样大。
XBB.1.16已经在印度以外的地方也在冒头：
* 在新加坡，它占2周前收集的样本的5%左右；
* 在美国和欧洲，它仍然很罕见（仅低于2周前收集的样本的1%），但在增长。
* 鉴于到目前为止印度以外的序列数量很少（约250个），很难可靠地估计XBB.1.16与XBB.1.5*相比在其他国家的增长优势。
除了XBB.1.16之外，S:K478R也在其他带有S:F486P突变的XBB分支当中冒头。目前看来，这一突变带来的全球增长优势似乎比较一般，只有每周10-20%的数量级。然而，没有太多的数据，具体情况还需要时间观察。
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**第三部分，** **EU.1.1**
EU.1.1（XBB.1.5.26.1.1的别名）获得了额外的刺突蛋白突变I410V和P521S，
在欧洲似乎正在超越XBB.1.5*（此处别名EU纯属巧合！）
其相对增长优势似乎在25-60%左右，类似于当初S:R346T在BA.5和BQ.1中的增长优势。
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**第四部分，** **其他潜在的刺突蛋白增益突变**
有一些刺突蛋白突变似乎在XBB骨架上的冒头频率正在上升。
它们仍然很罕见，以至于无法对增长优势进行可靠估计，
但以下几种值得关注：
S:D80Y
S:D215H
S:M177I
S:F456L
S:P621S
S:N978S
S:K1045R
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**第五部分，** **非XBB谱系**
尽管XBB大家族在全球范围内越来越占主导地位，但观察其他谱系的多样性也很重要，因为这些谱系有可能和目前流通的XBB产生很大的抗原距离。
_** （拍老师的画外音：血清分型警告！） ** _
**Delta-Omicron重组株**
Delta-Omicron重组株XBC最近在澳大利亚占了约5%的序列。
其中有一个新的子分支XBC.1.6，获得了两个值得关注的刺突蛋白突变：R346S和M452R。这个子分支在澳大利亚已经迅速增长到1-2%，但在其他地方暂时还没有冒头。
XAY*在丹麦仍为2%左右的流行率，在德国也可能仍在增长（XAY.1.1）。
**BA.2.75亚谱系和重组株**
CH.1.1*的比例在欧洲仍然相当稳定，差不多10-20%，不过预计XBB*最终会超过CH.1.1*，除非CH.1.1*额外获得新的增益突变。
BN.1*在一些国家仍然很普遍，尤其是韩国。
在澳大利亚，BR.2.1已经从最高20%流行率下降到5%以下。
XBF*在澳大利亚也从1月份的30%的峰值下降到了10%左右。它在欧洲的流行率则保持在1%左右。
**BA.5亚谱系**
BA.5*（非BQ*）已低于2%，但在日本（~25%）和中国（~90%）除外。
BQ.1*在欧洲和美洲的流行率都已下降到10%以下（2022年12月还有50-80%）。
**BA.2亚谱系**
BA.2.3.20在世界各地仍有零星冒头，在韩国和日本大致保持在1%左右流行率（预计在菲律宾最常见，但最近的数据也已经是6周前更新的）。
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**第六部分，国内的情况**
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