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@2023-05-26 16:00:00
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@2023-05-26 16:00:00
# 巴塞尔报告（第十四期，by Nekromanzer）
[ 新潮沉思录 ](javascript:void\(0\);)
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以下文章来源于拍帮主的后花园 ，作者拍老师
**拍帮主的后花园** . I told you so……
 文 | 拍帮主
** 各位晚上好， ** ** 本期的《巴塞尔报告》，又由微博老铁@Nekromanzer老师搬运，鸣谢！ ** ** 照惯例，格式有微调。 **
** 上集请见： [ 《巴塞尔报告，第十三集》
](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU0MTA3ODA4NQ==&mid=2247496714&idx=1&sn=c913d9f93e33e8e1b9ac0ca157f4eccc&chksm=fb2dd320cc5a5a36ecf5566b90264138ada1f7f6439e8ec4b28e00056c2e67675658e8112a23&token=1203180603&lang=zh_CN&scene=21#wechat_redirect)
**
* * *
**第一部分，宏观趋势，** XBB*愈发稳固的支配地位 ** **
**
** XBB*称霸全球的趋势仍在继续， 非XBB*株从2月底的30-35%到3月底的15-20%，再到4月底就只剩5-10%了。
不光如此，顽固的东亚怀旧服也被XBB*攻克了，无论是在国内、日本还是韩国都是如此，要知道上一期巴塞尔报告中，这三个地方的非XBB*毒株仍占相当大的比例。
↑ 以上是cov-spectrum平台用!XBB*（非XBB家族毒株）查询得到的各地近6月测序中非XBB*的占比。
可以看到，不管是哪个大区玩得哪个服，最后统统都被XBB*给合并了。
除了大洋洲尤其是纽村在4月初非XBB*还有40%左右的占比，其它地区都已经跌到20%以下了。
* * *
**第二部分，** 非XBB*的顽固分子们 ** **
** BN.1* (=BA.2.75.5.1*) '九头蛇/Hydra' **
目前只有国内的BN.1*逆时上扬，近期达到了4%的占比，但是XBB*的增速要远比它快。此前的东亚其它怀旧服中（日韩）BN.1*能够占有一席之地，但是近期被XBB*打得丢盔弃甲。
其中值得注意的是在国内的 **FR.1** [即BN.1.2.3加上额外的S:K187E(A22121G)]。
**CH.1.1* (=BM.4.1.1.1.1*=BA.2.75.3.4.1.1.1.1*) '暮光双头犬/Orthrus** '
目前仍在欧洲和大洋洲流行，尤其是纽村和丹麦。 其中值得注意的是 **FK.1*** [即CH.1.1.17加上额外的S:D215G(A22206G),
S:Q613H(G23401T)]，在土澳、纽村和丹麦的势头都不错。
**BA.2.3.20* '蛇尾鸡/Basilisk'**
此前盘踞菲律宾，不过没有那里近期的数据。 其中值得注意的是 **FV.1** [即CM.8.1.1加上额外的S:K147N(A22003T),
S:R346T(G22599C), S:G446S(G22898A), S:F486S(T23019C)]，在东亚以及东南亚有上升的趋势，不过市占率还不高。
**XBC***
还在流行的两款德尔塔克戎之一，在菲律宾与土澳较为常见。 其中值得注意的是 **XBC.1.6**
[即XBC.1加上额外的S:R346S(A22600T), S:L452R(C22916A, T22917G)]，不过暂时没有大规模从土澳输出的迹象。
**XAY***
另一款流行的德尔塔克戎，南非出品(不过在原产地已经消失)，在德国和丹麦站稳了脚跟。
其中值得注意的是XAY.1.1*，它同样具有S:L452R(C22916A, T22917G), F486P(T23018C,
T23019C)，以及S:R346T(G22599C)， 在德国一直能够维持1%左右的占比，全球各地偶有发现，但是似乎没有增长的趋势。
**BA.5***
包括BF*和BQ*在内，BA.5*继续下滑的趋势。
↑ 非XBB*死硬派们的地区流行率以及全球占比。
* * *
**第三部分，** XBB*之大乱斗 ** **
** S:F486P强者之证 **
S:F486P已经快要成为XBB*的身份象征，现在XBB*中不带这个突变的几乎没有呼吸权。
不少XBB*的子系通过种种方式独自获得了这个突变，取得了对其它分支的相对增长优势。
第一个拾取绑定这个突变的是XBB.1.5*，取得了巨大的成功，不过它的市场份额正在受到挑战。
XBB.1.9.1*与XBB.1.9.2*和XBB.1.5*相比有一定的增长优势，它们的刺突蛋白几乎没有区别(换句话说就是这个优势大概率来自于非刺突蛋白基因突变，比如ORF9b:I5T(T28297C))
XBB.2.3*相对于XBB.1.5*也有一定的增长优势，不过XBB.2*的刺突蛋白带的是S:D253G(A22320G)而不是XBB.1*上带的临近位点上的S:G252V(G22317T)，除此之外XBB.2.3*还带有S:P521S(C23123T)。
**S:T478R仍在增长**
尽管XBB* + S:F486P的组合已经非常给力了，不过附带了S:T478R(C22995G)的分支仍然能有显著的增幅，
从一月初仅1%的XBB*带有这个二次突变(从O株的S:T478K(C22995A)再到478R)，到现在大约1/3的XBB*带有它~
比如：
* XBB.1.16* 额外带有S:E180V(A22101T)
* XBB.2.3.8* 与 XBB.2.3.11*
* EG.2 (XBB.1.9.2.2)
* XBB.1.5.28
**S:F456L具备潜力**
根据深度突变扫描(DMS)的试验结果，预计S:F456L(T22928C或T22930A)会为XBB*提供额外的免疫逃逸能力，尽管近期的增幅不如S:T478R来得大。
5月初大约有5%的XBB*携带了这个突变，包括：
* FD.1.1* (XBB.1.5.15.1.1*，主要在加麻大)
* XBB.1.5.10*
* XBB.1.5.59*
* FE.1* (XBB.1.18.1.1*，主要在巴西)
* EG.5* (XBB.1.9.2.5*，主要在印尼和国内)
目前尚不清楚S:F456L与S:T478R加在一起是否能产生>2的效果，
毕竟具备XBB* + S:F486P + S:F456L + S:T478R这样的豪华套餐的序列目前仅测到38条，主要都来自XBB.1.16.6。
**其余带有小幅增益的突变**
* **S:Q613H** (G23401T)，已经占据了约10%的XBB*，以及5%左右的XBB*+S:F486P；
* **S:P521S** (C23123T)，作为XBB.2.3*的定义之一，已经占据了约5%的XBB*份额；
* **S:L455F** (G22927T)与S:F456L(T22928C/T22930A)的组合具备相当大的潜力，刚刚光速得到命名的XBB.1.5.70已经在巴西强势增长。
_**
拍老师的画外音：最近巴西东北部某些地区正在发生“流感样综合征”大爆发，部分城市已出现ICU爆满和医用氧气短缺，需要动用海军从其他地区紧急运送氧气。而XBB.1.5.70刚好就有可能起源于这些地区。由于巴西已几乎不检测，所以暂时没法实锤这两个情况相互有没有关联。
** _
—— 各个可能带来增益的突变的比较：
* * *
——附赠福利，众多的XBB*之间区分的方法之韦恩图：
——附赠福利， 众多的 XBB*之间区分的方法 之 特征定义突变列表 ：
以上！感谢Nekromanzer老师的辛苦搬运！
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** 上集请见： [ 《巴塞尔报告，第十三集》
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**第一部分，宏观趋势，** XBB*愈发稳固的支配地位 ** **
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** XBB*称霸全球的趋势仍在继续， 非XBB*株从2月底的30-35%到3月底的15-20%，再到4月底就只剩5-10%了。
不光如此，顽固的东亚怀旧服也被XBB*攻克了，无论是在国内、日本还是韩国都是如此，要知道上一期巴塞尔报告中，这三个地方的非XBB*毒株仍占相当大的比例。
↑ 以上是cov-spectrum平台用!XBB*（非XBB家族毒株）查询得到的各地近6月测序中非XBB*的占比。
可以看到，不管是哪个大区玩得哪个服，最后统统都被XBB*给合并了。
除了大洋洲尤其是纽村在4月初非XBB*还有40%左右的占比，其它地区都已经跌到20%以下了。
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**第二部分，** 非XBB*的顽固分子们 ** **
** BN.1* (=BA.2.75.5.1*) '九头蛇/Hydra' **
目前只有国内的BN.1*逆时上扬，近期达到了4%的占比，但是XBB*的增速要远比它快。此前的东亚其它怀旧服中（日韩）BN.1*能够占有一席之地，但是近期被XBB*打得丢盔弃甲。
其中值得注意的是在国内的 **FR.1** [即BN.1.2.3加上额外的S:K187E(A22121G)]。
**CH.1.1* (=BM.4.1.1.1.1*=BA.2.75.3.4.1.1.1.1*) '暮光双头犬/Orthrus** '
目前仍在欧洲和大洋洲流行，尤其是纽村和丹麦。 其中值得注意的是 **FK.1*** [即CH.1.1.17加上额外的S:D215G(A22206G),
S:Q613H(G23401T)]，在土澳、纽村和丹麦的势头都不错。
**BA.2.3.20* '蛇尾鸡/Basilisk'**
此前盘踞菲律宾，不过没有那里近期的数据。 其中值得注意的是 **FV.1** [即CM.8.1.1加上额外的S:K147N(A22003T),
S:R346T(G22599C), S:G446S(G22898A), S:F486S(T23019C)]，在东亚以及东南亚有上升的趋势，不过市占率还不高。
**XBC***
还在流行的两款德尔塔克戎之一，在菲律宾与土澳较为常见。 其中值得注意的是 **XBC.1.6**
[即XBC.1加上额外的S:R346S(A22600T), S:L452R(C22916A, T22917G)]，不过暂时没有大规模从土澳输出的迹象。
**XAY***
另一款流行的德尔塔克戎，南非出品(不过在原产地已经消失)，在德国和丹麦站稳了脚跟。
其中值得注意的是XAY.1.1*，它同样具有S:L452R(C22916A, T22917G), F486P(T23018C,
T23019C)，以及S:R346T(G22599C)， 在德国一直能够维持1%左右的占比，全球各地偶有发现，但是似乎没有增长的趋势。
**BA.5***
包括BF*和BQ*在内，BA.5*继续下滑的趋势。
↑ 非XBB*死硬派们的地区流行率以及全球占比。
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**第三部分，** XBB*之大乱斗 ** **
** S:F486P强者之证 **
S:F486P已经快要成为XBB*的身份象征，现在XBB*中不带这个突变的几乎没有呼吸权。
不少XBB*的子系通过种种方式独自获得了这个突变，取得了对其它分支的相对增长优势。
第一个拾取绑定这个突变的是XBB.1.5*，取得了巨大的成功，不过它的市场份额正在受到挑战。
XBB.1.9.1*与XBB.1.9.2*和XBB.1.5*相比有一定的增长优势，它们的刺突蛋白几乎没有区别(换句话说就是这个优势大概率来自于非刺突蛋白基因突变，比如ORF9b:I5T(T28297C))
XBB.2.3*相对于XBB.1.5*也有一定的增长优势，不过XBB.2*的刺突蛋白带的是S:D253G(A22320G)而不是XBB.1*上带的临近位点上的S:G252V(G22317T)，除此之外XBB.2.3*还带有S:P521S(C23123T)。
**S:T478R仍在增长**
尽管XBB* + S:F486P的组合已经非常给力了，不过附带了S:T478R(C22995G)的分支仍然能有显著的增幅，
从一月初仅1%的XBB*带有这个二次突变(从O株的S:T478K(C22995A)再到478R)，到现在大约1/3的XBB*带有它~
比如：
* XBB.1.16* 额外带有S:E180V(A22101T)
* XBB.2.3.8* 与 XBB.2.3.11*
* EG.2 (XBB.1.9.2.2)
* XBB.1.5.28
**S:F456L具备潜力**
根据深度突变扫描(DMS)的试验结果，预计S:F456L(T22928C或T22930A)会为XBB*提供额外的免疫逃逸能力，尽管近期的增幅不如S:T478R来得大。
5月初大约有5%的XBB*携带了这个突变，包括：
* FD.1.1* (XBB.1.5.15.1.1*，主要在加麻大)
* XBB.1.5.10*
* XBB.1.5.59*
* FE.1* (XBB.1.18.1.1*，主要在巴西)
* EG.5* (XBB.1.9.2.5*，主要在印尼和国内)
目前尚不清楚S:F456L与S:T478R加在一起是否能产生>2的效果，
毕竟具备XBB* + S:F486P + S:F456L + S:T478R这样的豪华套餐的序列目前仅测到38条，主要都来自XBB.1.16.6。
**其余带有小幅增益的突变**
* **S:Q613H** (G23401T)，已经占据了约10%的XBB*，以及5%左右的XBB*+S:F486P；
* **S:P521S** (C23123T)，作为XBB.2.3*的定义之一，已经占据了约5%的XBB*份额；
* **S:L455F** (G22927T)与S:F456L(T22928C/T22930A)的组合具备相当大的潜力，刚刚光速得到命名的XBB.1.5.70已经在巴西强势增长。
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拍老师的画外音：最近巴西东北部某些地区正在发生“流感样综合征”大爆发，部分城市已出现ICU爆满和医用氧气短缺，需要动用海军从其他地区紧急运送氧气。而XBB.1.5.70刚好就有可能起源于这些地区。由于巴西已几乎不检测，所以暂时没法实锤这两个情况相互有没有关联。
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—— 各个可能带来增益的突变的比较：
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——附赠福利，众多的XBB*之间区分的方法之韦恩图：
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